苏州发现了许多远古文化遗址，尤其是新石器时代晚期的良渚文化最为丰富，著名的有赵陵山遗址、少卿山遗址、绰墩遗址、草鞋山遗址、罗墩遗址等，其中赵陵山遗址在1992年被列为全国十大考古遗址重大发现之一。
夏商苏州地属百越。商末，中国西北地区姬姓周氏族首领古公亶父之子泰伯、仲雍，避位让贤，从陕西歧山下的周原，千里南奔，来到长江下游南岸的梅里（今江苏梅村），与当地土著居民结合，建立了带有部落性质的“勾吴之国”。这是苏州一带称吴的最早记载。
公元前11世纪中叶，周灭商，实行分封制。周武王寻得已在吴地为君主的泰伯、仲雍五世孙周章，封其为诸候。“勾吴”遂成为诸侯国，正式纳入西周版图。周简王元年（公元前585年），寿梦继位称王，吴国始有确切纪年。从寿梦起，吴国国势日盛，并开始与中原各国交往，跻身大国争霸的行列。周灵王12年（公元前560年），吴国君位传至二十世孙诸樊，国都南迁至今苏州城址。周敬王6年（公元前514年），阖闾继位。周元王3年（公元前473年），越国灭吴，吴地悉归越国所有。显王35年（公元前334年），楚囯灭越囯，吴囯、越囯之地尽属楚囯。楚考烈王元年（公元前262年），楚相春申君黄歇被封于江东，吴地遂成为春申君封地。
战国末年，秦国在其辖境行郡县制。秦王24年（公元前223年），秦将王翦俘楚王负刍，以长江以北楚国之地建楚郡。次年，王翦逐次攻取楚国在长江以南之地，遂将楚郡分为九江郡、鄣郡、会稽郡。26年（公元前221年），秦统一中国，正式在全国推行郡县制，分天下为三十六郡，吴地属会稽郡，郡治在吴国故都（即今苏州城址），并以郡治所在地设吴县，为所辖二十六县之首邑，吴县之得名自此始。秦二世元年（公元前209年），项梁、项羽在吴县起兵反秦。
秦亡后，楚汉相争中项羽自立为西楚霸王，领梁、楚等九郡，会稽郡亦属楚。
汉高祖5年（公元前202年），刘邦攻灭项羽，汉将灌婴乘胜过江，攻破吴县，略定会稽。同年，刘邦封韩信为楚王，会稽等郡属楚王封地。次年刘邦降韩信为淮阴候，分其封地东部会稽等三郡五十二城改建荆国，以其从兄刘贾为荆王，领会稽郡，都吴。11年（公元前196年）英布反汉，杀刘贾，占领荆国封地。次年刘邦平定英布之叛，废荆国仍复为会稽郡。同年封刘濞为吴王，会稽郡遂属吴国封地。文帝前元9年（公元前171年），鄣郡并入会稽郡，郡治一度由吴县移至鄣郡（今浙江安吉县与长兴县之间），7年后复治吴县。景帝3年（公元前154年），刘濞谋叛伏诛，废吴国，复为会稽郡，领县二十四，吴县仍为首邑。
元封5年（公元前106年），汉武帝为加强对地方的控制，分全国为十三州部，每州设刺史一人。会稽郡属扬州刺史。此时州尚不属正式行政区域。公元9年，王莽篡汉建新朝，改吴县为泰德县。王莽新朝覆灭后，东汉光武帝于建武元年（公元25年）复改泰德县为吴县。汉顺帝时因会稽郡幅员辽阔，不便管理，遂于永建四年（公元129年）析郡地东北部另置吴郡，西南部仍为会稽郡。新置吴郡领县十三，吴县为首邑，郡治在吴县，而会稽郡治则徙往山阴（今浙江绍兴）。
东汉末年军阀混战，兴平2年（公元195年），孙策部将朱治攻占吴郡，入城领太守事，自此吴地一直属三国孙吴政权。领县十五，吴县为首邑。孙皓宝鼎元年（公元266年），从吴郡中划出阳羡、余杭等五县与丹阳郡的数县另置吴兴郡（今浙江湖州）。
西晋时，吴郡、丹阳郡、吴兴郡号称“三吴”。 [12] 太康元年（公元280年），晋灭吴统一全国，分天下为十九州，吴郡属扬州刺史。四年（公元283年）分吴县之虞乡置海虞县（今常熟一带）。东晋咸和元年（公元326年），晋成帝封其弟司马岳为吴王，改吴郡
为吴国，置内史行太守事。其后司马岳虽徙封琅琊王，但吴国之名却一直延续到东晋末。
南朝刘宋武帝永初2年（公元421年），废吴国之名复称吴郡。南朝曾在南方广置侨州侨郡，宋孝武帝大明7年（公元463年），以吴郡属侨置南徐州。次年仍隶扬州。萧梁天监6年（公元507年），析吴郡地置信义郡。大同年间（公元535——545年）置昆山县，隶信义郡，大同6年（公元540年）改海虞县为常熟县，从此昆山、常熟二县得名。太清3年（公元549年），侯景作乱攻陷郡城，改吴郡为吴州。次年又恢复原置。陈武帝永定2年（公元558年）割吴郡所属海盐、盐官、前京县置海宁郡；后又割钱唐、富阳、新城县置钱塘郡；割建德、寿昌、桐庐等县属新安郡。吴郡辖地骤减，仅领吴、昆山、常熟、嘉兴四县。祯明元年（公元587年），析扬州地增置吴州，以原属扬州的吴郡、钱塘郡等改隶吴州，于是吴州、吴郡、吴县三级治所同驻一城。
隋朝建立后，变州、郡、县三级制为州、县两级。开皇9年（公元589年）灭陈后废吴郡建置，以城西有姑苏山之故，易吴州为苏州，这是苏州得名之始。下辖吴、昆山、常熟、乌程、长城县（长兴县）。11年（公元591年），因反叛骚乱频繁，危及苏城安全，故杨素于苏城西南横山（七子山）与黄山之间另筑城廓，州、县治悉移新廓，至今该处地名仍称新郭。大业元年（公元605年），复苏州为吴州，3年（公元607年）又改州县制为郡县制，吴州复称吴郡。 [12]
唐武德4年（公元621年）复吴郡为苏州。7年（公元624年）将隋代迁出的州、县治迁回原址。贞观元年（公元627年）分全国为十道，苏州属江南道。开元21年（公元733年）分江南道为江南东、西二道，苏州属江南东道。天宝元年（公元742年）改苏州为吴郡，乾元元年（公元758年）复称苏州，并改隶浙西道，节度使署也驻苏城。大历13年（公元778年）苏州被升为江南地区唯一的雄州。光化元年（公元898年），苏州成为吴越国的领地，改称中吴府。后梁开平3年（公元909年），吴越王钱镠分吴县南部地另置吴江县，吴江建县自此始。后唐同光2年（公元924年），钱镠又奏请升中吴府为中吴军，设节度使，领常、润等州，直至宋初未有变易。同年，钱镠在嘉兴设置开元府，嘉兴从此自苏州分离出去，领嘉兴、海盐、华亭3县。
宋太祖开宝8年（公元975年），吴越王钱弘俶改中吴军为平江军，隶江南道。太平兴国3年（公元978年）吴越纳土归宋，恢复苏州建置，转属两浙路转运使。政和3年（公元1113年）敕升苏州为平江府，属江南道浙西路，于是苏州又有平江之称。宣和5年（公元1123年）置浙西提举司，建炎4年（公元1130年）置浙西提点刑狱司，治所均在平江城。
元代始行行省制。至元12年（公元1275年）设江淮行省，置浙西路军民宣抚司，次年即改宣抚司为平江路，属江淮行省。18年（公元1281年）升平江路为达鲁花赤（蒙语长官之意）总管府。至元28年（1291年）划江而治，江南设江浙等处行中书省，苏州属之。元贞元年（1295年）升昆山、常熟、吴江、嘉定四县为州。元末至正16年（公元1356年）张士诚入据平江，建大周政权，一度改称隆平府，次年张士诚接受元朝封册，复改为平江路。
明太祖吴元年（公元1367年），改平江路为苏州府，隶江南行中二书省。永乐19年（公元1421年）迁都北京，南京成为陪都，以江南为南直隶省，苏州府属之。 [12]
清宣统3年（1911年）10月10日（公历，以下同），辛亥革命爆发。11月5日，苏州宣布独立，原江苏巡抚程德全自称苏军都督，设都督府于苏州。12月3日，改苏军都督为江苏都督，实行军民合治，称中华民国军政府江苏都督府，府所设苏州。 [12]
民国元年（1912年）1月，废苏州府，复将长洲、元和二县及太湖、靖湖二厅并入吴县，同时将震泽县并入吴江县，昭文县并入常熟县，新阳县并入昆山县。从此，地名称苏州，建置称吴县。民国3年（1914年），实行省、道，县官制，分一省为数道，于苏、常之地设苏常道，治所苏州，吴县属之。民国16年（1927年）4月，国民政府建都南京，江苏省会迁至镇江，废道，实行省、县二级制。同年6月，成立苏州市政筹备处。次年11月，县、市分治，在苏州市政筹备处基础上，正式建立苏州市。民国19年（1930年）5月，江苏省政府以紧缩开支为由，又撤销苏州的市级建置，复并入吴县。民国22年（1933年），江苏省分区设置行政督察专员公署，作为省的派出机构，吴县属于第三区，区署设苏州。同年十二月，第三区改称无锡区，区署驻无锡。民国25年（1936年），无锡区改称第二区，仍隶吴县。民国26年（1937年），日本发动侵华战争，11月19日，苏州沦陷。次年5月，日伪江苏省政府在苏州成立，管辖苏南地区十六个沦陷县城，吴县属之。民国29年（1940年），中国共产党在苏南东路地区建立抗日民主政权，将东路地区先后划分为三个级六个行政区，苏州均隶属于苏南第一行政区督察专员公署。9月，苏州县人民抗日自卫会在常熟东塘市成立。次年2月，苏州县政府成立，苏州县人民自卫会撤销。由于日伪残酷清乡，民主政权相继撤销。至民国34年（1945年）7月，在苏两北行政办事处的基础上，吴县抗日民主政权恢复成立。民国34年（1945年）8月，抗日战争胜利，伪江苏省消亡，国民政府还都南京。苏州仍称吴县，隶属江苏省江南行署。后江南行署撤销，又隶属第二行政区督察专员公署，直至解放。 [12]
1949年4月27日，苏州解放后，下设13个镇人民政府，同年9月改设东、南、西、北、中5个区公所；1950年5月各区公所撤销，由公安部门接管。1951年11月初经苏南人民行政公署批准，市政府决定按原区公所辖区建立东、南、西、北、中5个区。
1953年1月1日，江苏省人民政府成立：（1）苏州市为省辖市。（2）设立苏州专区。苏州专区辖常熟市和常熟、吴县、吴江、太仓、昆山、无锡、宜兴、江阴、太湖办事处（相当于县）1市8县1处，专署驻苏州市。（3）设立松江专区。松江专区辖南汇、奉贤、金山、青浦、嘉定、川沙、松江、宝山、嵊泗、上海10县，专署驻松江。同年，太湖办事处改为震泽县，苏州专区辖1市9县。同年6月26日，嵊泗县划归浙江省领导。1954年，常熟市改为省直辖市，并仍接受苏州专署督导。1956年，将宜兴县划归镇江专区，原辖镇江专区的武进县划入苏州专区，辖9县。
1958年8月25日，原由省直辖的苏州市划归苏州专区领导；撤销常熟市，并入常熟县。无锡县划归无锡市领导，武进县划归常州专区。4月8日，撤销松江专区，所属的松江、川沙、南汇、奉贤、金山、青浦6县划入苏州专区。4月12日，原江苏省松江专区管辖的嘉定、宝山、上海3县划归上海市管辖。11月21日，川沙、青浦、南汇、松江、奉贤、金山6县，划归上海市管辖。苏州专区辖1市7县。
1960年，撤销震泽县，并入吴县。1961年，设立沙洲县（驻杨舍镇）。1962年，苏州市改为省辖市；原由无锡市领导的无锡县划入苏州专区，辖8县。1983年实行市管县体制，苏州地区的常熟、太仓、昆山、吴县、吴江、沙洲县划归苏州市领导；常熟县撤销，改设常熟市；苏州市共辖1市5县4区（平江、金阊、沧浪和郊区）。1986年9月起，经国务院批准，先后撤销沙洲、昆山、吴江、太仓（1993年）4县，改
设张家港、昆山、吴江、太仓4市。苏州市共辖5市1县4区。1993年，苏州被国务院批准为“较大的市”。
1983年3月1日，江苏省实行市管县新体制。撤销苏州地区，将原属苏州地区的江阴、无锡二县划归无锡市，吴县、吴江、昆山、太仓、沙洲、常熟划归苏州市。苏州市领五县一市。[12]
1983年，撤销常熟县，改设常熟市。 1986年，撤销沙洲县，设立张家港市。 [14] 1989年，撤销昆山县，改设昆山市。 [15] 1992年，撤销吴江县，设立吴江市。1993年，撤销太仓县，设立太仓市。 [16] 1995年，撤销吴县，设立吴县市。
2001年，苏州市郊区更名为虎丘区；同年，撤销吴县市，分设吴中区、相城区。 [18]
2012年，撤销苏州市平江区、沧浪区、金阊区，合并设立苏州市姑苏区；撤销吴江市，设立苏州市吴江区。
